Élément du portfolio - projet METABARFOOD

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Olivier Rué

MaIAGE - Migale

16 décembre 2024

Le métabarcoding

• Migale possède une expertise reconnue en analyse de données de métabarcoding

Le projet METABARFOOD

• Projet financé Métaprogramme MEM (Méta-Omiques des Écosystèmes microbiens - 2015) porté par Delphine Sicard (SPO, INRAE Montpellier)
• Partenaires INRAE
  • LUBEM (Université Brest), SPO (Montpellier), SayFood (Grignon/Saclay), Migale (Jouy-en-Josas)

• Objectifs
  • Comparer les pipelines de métabarcoding et les marqueurs (ITS1, ITS2, D1/D2, RPB2) pour déterminer la diversité fongique dans différentes matrices alimentaires (Pain, Viande, Vin, Fromage)
  • Tester ces approches sur des jeux de données synthétiques et réels

• Échantillons
  • 96 échantillons MOCKs (27-60 espèces) : 4 matrices x 4 marqueurs x 2 conditions (PCR/DNA) x 3 réplicats
  • 144 Échantillons réels : 4 matrices x 4 marqueurs x 3 échantillons x 3 réplicats
  • Séquençage Illumina Miseq 2x250 (GeT-PlaGe, INRAE Toulouse)

• Contexte
  • Financement de la génération des données
  • Délai entre le début du projet et l’acquisition des données
  • Projet identifié comme une opportunité intéressante pour Migale

De nombreux résultats issus du projet

• Bioinformatique
  • Benchmark des outils bioinformatiques
  • Données utilisées dans la publication de FROGS-ITS [1]
  • Développement d’une approche mixte DADA2+FROGS plus performante
• Scientifique
  • Création d’une banque de référence des 4 marqueurs pour les souches d’intérêt (472 au total)
  • Évaluation des marqueurs sur données synthétiques et réelles
• Méthodologique
  • Analyse des échantillons réels a nécessité la curation manuelle de 2,359 ASVs
  • Processus itératif mis en place sur tous les projets

[1] Maria Bernard, Olivier Rué, Mahendra Mariadassou, Géraldine Pascal,
FROGS: a powerful tool to analyse the diversity of fungi with special management of internal transcribed spacers
Briefings in Bioinformatics, Volume 22, Issue 6, November 2021, bbab318
https://doi.org/10.1093/bib/bbab318

Les principes FAIR appliqués au projet

• Rapports d’analyse en ligne, complets et évolutifs
  • Dépôt du code sur forgeMIA
  • déploiement continu des rapports d’analyse
• Analyses reproductibles, travail facilité lors de la review (banque à mettre à jour)
• Mise en place d’outils collaboratifs
  • pour faciliter les échanges à distance et la rédaction de l’article
• Mise à disposition du code
  • Code archivé sur HAL ↔︎ Software Heritage
• Mise à disposition des données (brutes et intermédiaires)
  • Dataverse dédié
• Valorisation des résultats
  • Travail publié dans Peer Community Journal en 2023 [2]

[2] Rué, Olivier; Coton, Monika; Dugat-Bony, Eric; Howell, Kate; Irlinger, Françoise; Legras, Jean-Luc; Loux, Valentin; Michel, Elisa; Mounier, Jérôme; Neuvéglise, Cécile; Sicard, Delphine.
Comparison of metabarcoding taxonomic markers to describe fungal communities in fermented foods. Peer Community Journal, Volume 3 (2023), article no. e97.
doi : 10.24072/pcjournal.321. https://peercommunityjournal.org/articles/10.24072/pcjournal.321/

Conclusion

• Projet…
  • mené à son terme,
  • valorisé
  • et sur lequel on a capitalisé
• Nouvelles ressources à la fois bioinformatique …
  • Méthodologie intégrée dans FROGS v5.0.0 et aux formations associées
• et scientifique …
  • Résultats disponibles pour la communauté
• … en appliquant les principes FAIR, en se basant sur les ressources institutionnelles

Merci de votre attention

References

1. Bernard M, Rué O, Mariadassou M, Pascal G. FROGS: a powerful tool to analyse the diversity of fungi with special management of internal transcribed spacers. Briefings in Bioinformatics. 2021;22. doi:10.1093/bib/bbab318.

2. Rué O, Coton M, Dugat-Bony E, Howell K, Irlinger F, Legras J-L, et al. Comparison of metabarcoding taxonomic markers to describe fungal communities in fermented foods. Peer Community Journal. 2023;3.