Modélisation in silico de structures 3D de protéines. Prédiction de mutations, de fixation de ligands
️ 01.34.65.29.74 (Veronique Martin)
A l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du logiciel PyMOL. Ils seront capables de les appliquer pour visualiser leur système biologique d’intérêt, et d’effectuer des commandes basiques d’identification de poches catalytiques, de profilage de surface électrostatique, et de mutations d’acides aminés.
Aussi, ils connaîtront les bases et les outils de bioinformatique structurale et seront autonomes pour effectuer des modèles de protéines par prédiction (Alphafold2), calculer les meilleures poses de fixation de leur(s) ligand(s) (Autodock4) et reconstruire l’éventuel assemblage biologique.
Bonus : Ils s’approprieront ces outils avec une demi-journée dédiée à la modélisation de leur système d’étude : protéines, interactions protéines/ADN, arrimage de ligand, etc.
Visualiser :
Comprendre :
Analyser des structures 3D de protéines (RX ou RMN).
Identifier des homologues avec HHpred.
Modéliser par prédiction sa protéine d’intérêt avec Alphafold2.
Prédire :
Savoir calculer des meilleures poses de ligands avec Autodock.
Prédir et modéliser les mutations in silico.
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- Points forts et limites des différents outils
- ️“hand- on tutorials”
- Plus une session dédiée : «bring your own protein»
| Dates et Horaires | Durée | Tarifs (Hors Taxe) |
|---|---|---|
| 27 et 28 mai 2024 9h00-17h30 |
2 jour(s) | 300 € (INRAE) 340 € (Académique) 1100 € (Non académique) |
| Modalités de paiement | Conditions d’annulation |
|---|---|
| Uniquement par bon de commande | En l’absence d’annulation par mail avant le 12 mai 2024, le paiement sera dû |
| Lieu | Plan et Moyen d’accès |
|---|---|
| Centre INRAE Jouy-en-Josas Unité MalAGE Bât. 233 |
https://migale.inrae.fr/how-to-come |
Gwenaëlle André / Sylvain Marthey
A work by Migale Bioinformatics Facility
Université Paris-Saclay, INRAE, MaIAGE, 78350, Jouy-en-Josas, France
Université Paris-Saclay, INRAE, BioinfOmics, MIGALE bioinformatics facility, 78350, Jouy-en-Josas, France
