Analyse de données métagénomiques shotgun
️ 01.34.65.29.74 (Veronique Martin)
Cette formation est dédiée à l’analyse de données métagénomiques procaryotes de type « shotgun » issues de la technologie de séquençage Illumina. Nous présenterons les étapes bioinformatiques nécessaires pour nettoyer les données brutes et les caractériser d’un point de vue taxonomique. Nous aborderons ensuite les différentes stratégies à employer pour assembler les reads et obtenir des comptages sur des gènes prédits. Enfin nous présenterons quelques outils pour obtenir une annotation fonctionnelle des échantillons. A l’issue des 2 jours de formation, les stagiaires connaîtront le périmètre, les avantages et limites des analyses de données de séquençage shotgun. Ils seront capables d’utiliser les outils présentés sur les jeux de données de la formation. L’ensemble des TP se déroulera sur l’infrastructure de Migale et nécessite une pratique courante de la ligne de commande.
Si vous n’avez aucune idée de la signification de ssh login@front.migale.inrae.fr, cp file.txt DIR/ et que vous ne savez pas utiliser un cluster de calcul, cette formation ne vous sera pas accessible.
| Dates et Horaires | Durée | Tarifs (Hors Taxe) |
|---|---|---|
| 18 et 19 mars 2024 9h00-17h00 |
2 jour(s) | 300 € (INRAE) 340 € (Académique) 1100 € (Non académique) |
| Modalités de paiement | Conditions d’annulation |
|---|---|
| Uniquement par bon de commande | En l’absence d’annulation par mail avant le 03 mars 2024, le paiement sera dû |
| Lieu | Plan et Moyen d’accès |
|---|---|
| Centre INRAE Jouy-en-Josas Unité MalAGE Bât. 233 |
https://migale.inrae.fr/how-to-come |
Olivier Rué / Valentin Loux / Cédric Midoux
A work by Migale Bioinformatics Facility
Université Paris-Saclay, INRAE, MaIAGE, 78350, Jouy-en-Josas, France
Université Paris-Saclay, INRAE, BioinfOmics, MIGALE bioinformatics facility, 78350, Jouy-en-Josas, France
