Dans les coulisses de Migale #1
Chers utilisateurs et utilisatrices,
L’ensemble de l’équipe vous présente ses meilleurs vœux pour l’année 2023.
Nous profitons de l’occasion pour renouer avec une newsletter régulière afin de revenir sur des événements importants concernant notre/votre plateforme et vous faire part de projets ou nouveautés à venir.
Ressources humaines
2022 a vu l’intégration réussie de Christelle Hennequet-Antier en tant qu’ingénieure de recherche en statistique au sein de l’équipe ; de nombreuses collaborations sont d’ores et déjà initiées. Malheureusement, le concours externe visant à recruter notre administrateur système, suite au départ de Damien Berry, a été infructueux. A priori le profil devrait être ré-ouvert en mobilité au fil de l’eau dans les semaines à venir.
Retours utilisateurs
Vous avez été 70 sur plus de 600 utilisateurs actifs à répondre à notre enquête annuelle. Globalement, l’infrastructure a répondu à vos besoins et vous êtes satisfait du support reçu, vous avez de plus apprécié la réactivité pour l’installation de nouveaux outils (en 2022 c’est 93 nouveaux outils que vous nous avez demandés, dont 8 sous Galaxy et 28 packages R). Vous n’êtes par contre pas tous en accord sur la fréquence de notre communication, entre autres sur les nouveaux outils, trop pour certains, pas assez pour d’autres ; nous réfléchissons à de possibles évolutions.
Formations
Le cycle de formation 2023 vient d’ouvrir avec un nouveau module « manipulation de données avec R : introduction à tidyverse ». Le bilan du cycle 2022 montre un total de 105 apprenants dont 65% d’INRAE (MICA est le département le plus représenté) et 29 jours de formations cumulés sur l’année. Les supports de formation sont accessibles via notre site web. Vous y trouverez aussi de nombreux tutoriels.
Service d’analyse des données
19 nouveaux projets ont démarré en 2022 et 18 projets ont été clôturés. Vos retours en fin de projets sont très bons et confortent nos modalités d’interactions comme illustré par ce commentaire : “The quality of the report is outstanding and the scripts are reusable for other applications”. N’hésitez pas à aller jeter un coup d’œil sur les services que nous proposons. Nous avons été co-auteurs de 14 de vos publications en 2022. Nous vous en présenterons régulièrement dans les prochains numéros de la newsletter.
Equipement et infrastructure
L’année 2022 a vu la mise en production du nouveau cluster avec un nombre de cœurs de calcul quasi doublé par rapport à l’ancien. La plateforme a également augmenté ses capacité de stockage pour atteindre près d’un 1 Po de calcul utile et ainsi pouvoir répondre au mieux à vos besoins.
En ce début d’année, nous avons également remis à plat notre instance de Galaxy avec davantage de ressources allouées à vos calculs et une interface mise à jour. Tout devrait être plus fluide et plus rapide pour vous.
Citations
En 2022, 37 publications ont cité Migale comme demandé aux utilisateurs. Dans les prochaines newsletters, nous présenterons certains de ces travaux.
Projets structurants
Migale va opérer l’infrastructure informatique du Grand Défi Ferments du Futur et coordonner les développements informatiques de l’entrepôt de données sur les micro-organismes pouvant intervenir dans la fermentation des aliments ; cet entrepôt sera crucial pour l’élaboration de modèles prédictifs. La plateforme est aussi partie prenante du projet européen DOMINO sur le rôle de la diversité des microbiotes d’aliments fermentés sur la santé. Migale coordonnera également l’implémentation et la mise à disposition du portail opérationnel pour la production de produits biosourcés dans le cadre du PEPR Produits Biosourcés et Biotechnologie Industrielle.
En 2023, nous continuerons d’être à vos côtés et vous souhaitons de réaliser vos plus beaux projets scientifiques.
Migalement vôtre,
L’équipe 
