Dans les coulisses de Migale #11

Chers utilisatrices et utilisateurs, Voici quelques nouvelles et événements à vous partager.

Ressources humaines

Début février, l’équipe a accueilli Jonathan Duperrier comme développeur de l’entrepôt de données de Ferments du Futur ; ses missions sont donc de poursuivre les travaux de développement initiés par Mariène et Aaron avant leur départ.

Depuis mars, nous accueillons également Zéphyrin Enaux dans le cadre du projet ANR microflu4AMR ; Zéphyrin est hébergé chez nos collaborateurs de l’unité Agroécologie de Dijon.

Les candidatures sur le poste permanent IE en bioinformatique mis au concours par MICA dans l’équipe se poursuivent jusqu’au 20 mars, date de clôture du concours. L’admissibilité aura lieu en mai tandis que les auditions seront en juin.

Campagne de labellisation ISC

Nous nous réjouissons d’avoir été à nouveau labellisé Infrastructure Scientifique Collective par INRAE en ce début d’année. Malgré “un effectif modeste et insuffisant” au regard des services proposés et “l’absence d’administrateur système” (faiblesses), la commission a souligné notre expertise solide, notre grande ouverture à la communauté, notre degré d’implication dans des projets et notre activité dynamique de formation (forces), entre autres.

Démarche Qualité

Un grand merci aux 57 personnes ayant répondu à notre enquête annuelle; c’est un peu plus que l’an dernier ! Vous êtes globalement très satisfaits et les compliments qui reviennent le plus souvent portent sur la qualité du support et la réactivité face aux demandes, le site web ainsi que la disponibilité des ressources de calcul. Le point d’amélioration qui est souvent revenu concerne la communication jugée trop fréquente sur les installations ou mises à jour d’outils ; nous avons donc décidé de changer nos pratiques comme expliqué un peu plus bas dans la rubrique “Communication”

Infrastructure

Grâce à un co-financement obtenu via l’appel d’offre “Équipements Lourds” de la CNOC en 2024, la moitié du cluster de Migale va être renouvelé fin avril avec des nœuds plus performants. Nous en profiterons pour mettre à jour le système d’exploitation vers une version plus récente. Cette manipulation nécessitera un arrêt total de nos services en début de semaine 17 (22 - 25 avril). Une communication dédiée à ce chantier de migration sera faite prochainement.

Formations

Le cycle de formation 2025 a démarré cette semaine ; voici les modules où il est encore possible de s’inscrire via la page https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html

• Initiation à Python (31 mars, 1er avril)
• Python avancé (2 et 3 avril)
• Bonnes pratiques pour une meilleure reproductibilité de ses analyses (4 avril)
• Analyse de données métagénomiques « shotgun » (6 et 7 mai)
• Analyse statistique de données RNA-Seq - Recherche des régions d’intérêt différentiellement exprimées sous RStudio (12 et 13 mai)
• Modélisation in silico de structures 3D de protéines. Prédiction de mutations. Arrimage de ligands. (4 et 5 juin)
• Manipulation de données sous R avec Tidyverse (16 et 17 juin)

Responsabilité Environnementale

Pour la 3e année consécutive, la plateforme Migale vous sensibilise à l’empreinte environnementale du stockage de données en organisant un challenge collectif de ménage numérique jusqu’au vendredi 28 mars. En effet, réduire la quantité de données à stocker permet de réduire le nombre de serveurs et leurs consommations énergétiques ; à titre indicatif, 1To de données stockées pendant un an équivaut à quelques dizaines de kg CO2eq (ref).

Plus d’infos sur le Migale Digital Cleanup Challenge.

Communication

Le compte Twitter/X de la plateforme Migale est désormais inactif ; vous pouvez nous suivre sur le réseau BlueSky : https://bsky.app/profile/inrae-migale.bsky.social.

Le prochain webinaire “Migale & Vous” aura lieu jeudi 27 mars de 14h à 15h sur ce lien zoom ; ces rencontres régulières sont destinées aux utilisateurs de la plateforme intéressés pour (re-)découvrir ou discuter autour des offres de service de la plateforme. Pour cette 5e édition, nous accueillerons également Nuria Mach qui nous présentera ses travaux sur le microbiote du système respiratoire du veau. Pour en savoir plus, connectez-vous jeudi 27 mars de 14h à 15h .

Suite à vos remarques lors de l’enquête annuelle, nous avons décidé de créer une nouvelle liste : tools-migale@groupes.renater.fr sur laquelle nous diffuserons désormais les installations de nouveaux outils et les mises à jour d’outils. Vous y avez été inscrit par défaut, mais vous pouvez à tout moment vous désabonner de cette liste via la procédure décrite sur la page https://groupes.renater.fr/sympa/help/user-signoff.html

BioInfOmics

À l’instar de Migale, la labellisation INRAE des deux autres infrastructures scientifiques collectives de BioinfOmics, GenoToul-Bioinfo et l’URGI, a également été renouvelée.

Migalement vôtre,

L’équipe