Dans les coulisses de Migale #14

Chers utilisatrices et utilisateurs,

Nous espérons que vous avez passé un bel été ; nous profitons de la rentrée pour vous partager quelques nouvelles et événements à venir.

Infrastructure et sécurité informatique

Comme nous vous l’avons annoncé précédemment, l’arrêt annuel du Data Center INRAE-IDF nous oblige à interrompre l’ensemble des services numériques de la plateforme du lundi 22 septembre 9h30 au jeudi 25 septembre inclus (plus de détails ici).

L’ensemble des calculs sur le cluster devront être arrêtés au plus tard le 22/09 à 9h30 ou seront tués. Nous rétablirons progressivement tous les services jeudi après-midi. Un email sera envoyé à la liste de diffusion user-migale@groupes.renater.fr lorsque les services seront de retour à la normale.

Nous profiterons de cet arrêt pour faire des mises à jour de firmware et de matériel.

Communication

Lorsque vous utilisez l’infrastructure Migale pour vos travaux de recherche, nous vous demandons de la citer dans les remerciements des publications avec cette phrase type

We are grateful to the INRAE MIGALE bioinformatics facility (MIGALE, INRAE, 2020. Migale bioinformatics Facility, doi: 10.15454/1.5572390655343293E12) for providing help, computing and storage resources

Il s’agit en effet d’un des indicateurs servant à justifier de son utilité auprès de notre tutelle. Merci par avance.

Un de vos travaux réalisés sur la plateforme Migale

Le fer est un élément important, impliqué dans de nombreux métabolismes microbiens et au centre de différentes interactions. Cependant, ce métal peut être limitant dans certains écosystèmes, comme le lait ou le fromage. Dans le cadre du projet européen E-MUSE, des chercheuses et chercheurs de l’UMR SayFood ont réalisé un travail de synthèse sur le rôle du fer dans les interactions et les métabolismes microbiens au sein de l’écosystème fromager. Ils ont notamment utilisé la plateforme Migale afin d’identifier des clusters de gènes impliqués dans la biosynthèse de sidérophores chez des microorganismes isolés du fromage. Bien que tous les génomes des bactéries étudiées possèdent des gènes impliqués dans le transport du fer, seule une fraction de ces génomes est capable de synthétiser des sidérophores (chélateurs spécifiques du fer ferrique), suggérant que les sidérophores peuvent moduler différentes interactions à la surface des fromages.

N’hésitez pas à nous partager vos travaux qui citent la plateforme.

Animation

Nous avons le plaisir de vous annoncer la tenue des premiers FROGSDays, un symposium dédié aux enjeux techniques et méthodologiques du metabarcoding microbien, que nous co-organisons du 1er au 3 décembre 2025 à INRAE Castanet-Tolosan (Toulouse). Cet événement s’adresse à toutes les personnes intéressées par le traitement et l’analyse de données de séquençage haut débit appliquées à la diversité microbienne – utilisateurs de FROGS ou non.

Le programme mettra l’accent sur le partage d’expériences, les innovations bioinformatiques, et les perspectives du domaine. Des démonstrations d’outils, deux tables rondes, et des sessions posters rythmeront ces trois jours.

Retrouvez toutes les informations sur https://frogsdays.symposium.inrae.fr/

Une de nos récentes contributions à vos côtés

Migale est co-auteur de l’article “MilkOligoCorpus: a semantically annotated resource for knowledge extraction on mammalian milk oligosaccharides”, qui présente la création d’un corpus de référence destiné à l’entraînement et à l’évaluation de méthodes d’extraction d’information (text mining) appliquées aux oligosaccharides du lait de mammifères décrits dans la littérature scientifique. Ce corpus est composé de résumés et d’extraits d’articles complets issus de PubMed, annotés manuellement. Il est accompagné d’un schéma d’annotation qui formalise les informations annotées sous forme d’entités (oligosaccharides, échantillons, espèces, stade de lactation, stade physiologique, etc.) et des relations entre ces entités, des directives détaillant la manière de réaliser l’annotation, ainsi que d’un ensemble de ressources sémantiques permettant la normalisation des informations. Une évaluation du corpus a été réalisée à l’aide de méthodes de text mining de base, portant sur l’extraction d’entités et de relations ainsi que la normalisation avec les ressources sémantiques.

Le travail est mené dans le cadre du projet ANR HoloOligo et implique des collègues de GenPhySE (Toulouse) et de MaIAGE (Jouy-en-Josas). La plateforme Migale a contribué à la formalisation des données et a proposé ses services (outils d’annotation) pour la constitution et l’annotation manuelle du corpus. Ce travail constitue une étape importante vers la construction d’une base de données sur les oligosaccharides du lait chez les mammifères, alimentée par le text mining, dans le but de faciliter l’étude des liens fonctionnels entre les structures d’oligosaccharides, le microbiote et le système immunitaire.

Pour nous rencontrer

Nous serons présents à Sysinfo@INRAE (16-17 septembre, Montpellier) et à l’AG du PEPI IBIS (15-16 octobre, Rennes).

Migalement vôtre,

L’équipe