Dans les coulisses de Migale #16

Chers utilisatrices et utilisateurs,

Voici les dernières nouvelles de la plateforme que nous souhaitons partager avec vous.

Ressources humaines

Début février, Mouhamadou Ba a officiellement pris ses fonctions à Montpellier dans l’unité Mistea du département MathNum ; cette mobilité met fin au service de text-mining qu’il avait contribué à mettre en place sur la plateforme. Compte tenu de notre GPEC, nos demandes de postes se concentrent en priorité sur les volets AdminSys et DevOps.

Pour faire suite au départ d’un ingénieur sur le projet Ferments du Futur, nous recrutons un-e ingénieur-e en développement front-end (détails de l’offre sur jobs.inrae.fr).

Démarche qualité

Un grand merci aux 54 personnes qui ont répondu à notre enquête annuelle. En résumé, concernant l’infrastructure, vous appréciez la haute disponibilité globale du cluster de calcul, la diversité des outils installés, la qualité et la réactivité du service support, et la mise à jour des banques de données. Nous allons prendre contact avec celles et ceux qui ont signalé des difficultés quant aux droits sur leurs fichiers ou quant à l’utilisation de conda. Deux personnes ont mentionné des outils qui n’ont malheureusement pas pu être installés. Nous passons beaucoup de temps à essayer de contourner les problèmes d’installations des outils, mais dans de rares cas nous sommes obligés de renoncer : outils trop anciens ou qui ne sont pas distribués correctement (versions de dépendances ou de librairies trop anciennes, pas d’installation possible pour des utilisateurs multiples). De plus, nous n’installons pas d’outils sous Docker pour des questions liées à la sécurité, mais le plus souvent des alternatives sont disponibles. Les serveurs Galaxy et RStudio semblent vous donner pleine satisfaction ; pour le moment, il n’est pas possible de soumettre des jobs sur le cluster depuis RStudio mais nous allons étudier la question. Concernant les formations, aucune demande de nouveaux modules est remontée ; en 2026 nous reconduisons les 16 modules de 2025 (voir ci-dessous). Concernant la communication, le format actuel vous convient à l’unanimité, ni trop ni pas assez.

Chaque année, notre revue de direction nous permet de balayer le bilan de nos activités et d’intégrer vos retours et commentaires, afin de définir notre stratégie et nos objectifs pour l’année à venir. Pour 2026, nous nous sommes fixés les 3 grands objectifs suivants :

1. Maintenir une infrastructure bioinformatique à l’état de l’art et mettre en place une politique de cybersécurité en adéquation avec les risques actuels.
2. Faire évoluer l’infrastructure de manière écoresponsable et aller au-delà de la sensibilisation des utilisateurs et utilisatrices par des actions concrètes.
3. Accentuer nos efforts de communication sur notre savoir-faire vers l’extérieur.

Responsabilité environnementale

Vous l’avez peut-être remarqué en vous connectant sur le serveur ‘front’ de Migale ? La quantité d’heures de calcul que vous avez effectuées sur le cluster depuis le 1er janvier de l’année en cours s’affiche, ainsi que la quantité d’équivalent CO2 émise. Pour rappel, on dit qu’un-e Terrien-ne éco-responsable ne doit pas dépasser 2 tonnes CO2 eq. par an.

Migale lance son 4e challenge de ménage numérique du 2 au 20 mars 2026. Pour y participer c’est très simple ! Retrouver toutes les infos sur cette page. Au-delà de sa portée éco-responsable (qui dit « données à stocker » dit « serveurs de stockage à fabriquer et à alimenter en énergie » !), cette opération de ménage sera cruciale pour le remplacement prochain de nos baies de stockage.

Formations

La période des inscriptions bat son plein pour la cuvée 2026 du cycle de formation “Bioinformatique par la pratique”. Les premiers modules démarrent dans 10 jours, les derniers sont programmés en juin. Vous pouvez encore vous inscrire à partir de la page https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html.

Voici un bilan chiffré du cycle 2025 :

• 12 modules
• 22 jours cumulés
• 96 apprenants cumulés dont 2/3 d’INRAE
• 28 formateurs-trices cumulés.

Animation

En novembre dernier, Migale a participé au Biohackathon Europe. Cet événement collaboratif organisé par Elixir a rassemblé environ 175 (en présentiel) et 290 (à distance) scientifiques pour travailler sur des projets visant à relever des défis de recherche en bioinformatique. Migale a particulièrement contribué au projet de catalogue de ressources autour du microbiome MiCoReCa.

Migale a également participé à la mise en place et à l’animation de la deuxième édition des journées Shiny::INRAE le 28 janvier 2026 à Montpellier. Après une rétrospective des nouveautés de SK8, le service d’hébergement d’applications R-Shiny d’INRAE, suivie d’une démonstration d’applications créées par la communauté (notamment Siduri par Agnès Barnabé), les participants se sont regroupés en ateliers thématiques. Les échanges ont porté sur l’authentification et la sécurisation des applications, l’usage de stockage S3 ainsi que la structuration des applications via les modules. Ces discussions enrichissantes ont conduit à la création d’un réseau Shiny::ESR, ouvert à l’ensemble de la communauté Shiny de l’enseignement supérieur et de la recherche. Vous pouvez dès à présent vous inscrire à ce réseau grâce à ce formulaire !

Outils

La liste des 513 outils sous conda installés sur Migale est visible sur la page dédiée de notre site web.

Un de vos travaux réalisés sur la plateforme Migale

L’importance de la composition du microbiote dans l’inhibition de la prolifération intestinale des pathogènes, connue sous les termes de résistance à la colonisation ou effet barrière a conduit au développement de thérapies ciblées visant à restaurer la communauté microbienne intestinale par l’introduction de bactéries symbiotiques. Ces stratégies sont particulièrement importantes pour la restauration du microbiote des patients hospitalisés traités avec des antibiotiques à large spectre. Des chercheurs de MICALIS et de MaIAGE ont conçu un consortium de bactéries commensales capable d’améliorer l’effet barrière contre l’Entérocoque Résistant à la Vancomycine (ERV). Dans cette étude publiée dans Microbiome (Jan et al., 2025), les chercheurs ont identifié par modélisation de données longitudinales, 7 espèces moléculaires du microbiote qui sont en corrélation négative avec le portage en ERV. Les données de composition du microbiote résultent de metabarcoding microbien analysé à l’aide de FROGS sur Migale. Les chercheurs ont démontré que la supplémentation avec le mélange de 7 bactéries représentatives (Mix7) de ces espèces améliore l’effet barrière contre l’ERV in vivo de manière dépendante du microbiote. Ils ont constaté que le microbiote initial influence l’efficacité de la supplémentation et ont identifié des biomarqueurs bactériens potentiels, prédictifs de la réponse au traitement.

N’hésitez pas à nous partager vos travaux qui citent la plateforme.

Une de nos récentes contributions à vos côtés

Migale est co-autrice de l’article “From process to flavor: Microbial and sensory characterization of traditional Kaak and its artisanal production methods”.

Cette étude analyse pour la première fois la fabrication artisanale du Kaak, un produit fermenté à base de pois chiches. Le processus repose sur cinq étapes clés, de la fermentation de l’eau de trempage des pois chiches à la cuisson. Les analyses métagénomiques, réalisées grâce à l’outil FROGS, révèlent une diversité microbienne unique : si Saccharomyces cerevisiae et Alternaria marquent la composante fongique, la bactérie Clostridium perfringens domine largement tout au long du processus. C’est cette signature microbienne spécifique qui confère au Kaak traditionnel son profil sensoriel distinctif (arôme, goût, texture), impossible à reproduire avec des levures commerciales. Ces résultats soulignent l’importance de préserver les pratiques artisanales pour maintenir la richesse organoleptique des produits fermentés à base de légumineuses. Rachelle Alhosry, doctorante entre SPO et la faculté des Sciences II de Beyrouth, a bénéficié de l’expertise de la plateforme sur les aspects bioinformatiques dans le cadre d’un projet d’accompagnement du service d’analyse de données.

Pour nous rencontrer

Nous serons présents à la journée scientifique Inria sur le French Gut (19 mars, Paris), aux rencontres des Responsables Données Opérationnels d’INRAE (31 mars-2 avril, Sète), à la 17e conférence internationale Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences (23-26 mars, Amsterdam).

Migalement vôtre,

L’équipe