Dans les coulisses de Migale #18

Chers utilisatrices et utilisateurs,

Voici les dernières informations de la plateforme que nous voulons partager avec vous.

Ressources humaines

Cette rubrique est plutôt étoffée cette fois ci avec d’excellentes nouvelles !

Tout d’abord, l’institut a accepté de pérenniser au sein de la plateforme l’implication d’Axel, notre apprenti en administration système et cybersécurité depuis 3 ans, en lui proposant un poste en CDI. Cette solution, nouvelle pour nous, intervient après plusieurs années de concours infructueux et nous permet enfin de bénéficier d’un administrateur système à temps plein après plus de 4 ans sans permanent sur ces compétences.

L’équipe-projet Siduri qui travaille sur le développement du portail des données du Grand Défi Ferments du Futur vient de se renforcer avec l’arrivée d’un 2e développeur informatique, Carnel Megbleto. Deux postes de data manager et data stewart sont également ouverts pour pallier au départ d’Erwan Le Floch.

Nous accueillons également deux nouveaux ingénieurs contractuels en octobre sur les projets PhagoForm avec l’unité SayFood (Victor Michel), et BigWASSP avec l’unité SECALIM (Ambroise Loeb) ; Edmond qui travaillait quant à lui sur le projet Mudis4LS vient de terminer son contrat.

Infrastructure et sécurité informatique

L’infrastructure a été arrêtée du 21 au 24 septembre à cause de la coupure annuelle du data center INRAE hébergeant nos machines au CEA de Bruyères-le-Châtel. Comme chaque année, nous avons profité de cet arrêt imposé pour faire les mises à jour (firmware, système, …) qui nécessitent un redémarrage et un arrêt de service. Tout s’est bien passé. Si vous constatez des dysfonctionnements, n’hésitez pas à nous les signaler en nous contactant à l’alias help-migale@inrae.fr.

L’utilisation d’outils comme Visual Studio Code (VS Code) avec l’extension “Remote SSH” peut, s’ils sont mal configurés, charger de manière significative notre système de fichiers et induire des ralentissements pour tous les utilisateurs. Un tutoriel dédié à VS Code sera prochainement disponible pour vous guider dans sa configuration et son utilisation raisonnable sur l’infrastructure de Migale.

Mise à jour d’outils

R et Rstudio ont été mis à jour récemment : R est désormais en version 4.6.1, tandis que Rstudio est en version 2026.08.0 (plus d’infos).

Formations

Le cycle de formation “Bioinformatique par la pratique” 2026 est terminé. Nous avons formé 77 personnes, dont 52 % de personnels INRAE et 10 % de personnes venant du privé. 10 modules différents ont été donnés, représentant un cumul de 21 jours et 24 formateurs.

Nous allons maintenant préparer le nouveau cycle 2027 dont le planning et les inscriptions seront accessibles début janvier depuis https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html. N’hésitez pas à nous partager vos nouveaux besoins de formations (formation.migale@inrae.fr).

BioInfOmics

Les journées scientifiques bisannuelles de l’Infrastructure de Recherche BioinfOmics, à laquelle nous appartenons, auront lieu au Cap D’Agde du 5 au 7 octobre et porteront sur la thématique des graphes de connaissances.

Animation

L’été a été riche pour l’équipe en termes de présentations orales et posters à JOBIM et aux JDEv. Voici un aperçu de nos contributions :

• “Holograph: a generic RDF schema to handle data from agroecological holobionts”
• “Updating and using a Hidden Markov Models-based algorithm to detect Anti-Microbial Resistance sequences in French soils metagenomes”
• “SIDURI: an integrated data and analysis portal supporting data-driven innovation in food fermentation”
• “Leveraging Galaxy’s Superpowers to Enhance Fermentation Innovation through the Siduri portal”
• “HoloUI: A web application to fetch holobiont data from a RDF database”
• “In situ viral regulation of bacterial successions during organic matter turnover”
• “FROGS 5: A redesigned, modular pipeline for the comprehensive analysis of metabarcoding data”
• “How Data Pre‑processing Shapes Conclusions in Metagenomics: A Reproducible Benchmark to Guide Microbiome Analysis”

Cédric Midoux a même obtenu le prix du meilleur poster aux Rencontres R pour l’application Rshiny AffiliationExplorer visant à résoudre les conflits de taxonomie en métagénomique (https://hal.inrae.fr/hal-05644280v1).

Pour nous rencontrer

Nous serons présents aux journées Graphes de connaissances (Cap d’Agde, 6-7 oct), à l’AG du département MathNum d’INRAE (Cap d’Agde, 7-9 oct), aux journées du GDR BIMMM (Paris, 15-16 oct), à la journée “Plateformes Scientifiques et recherche responsables” (Fontenay-aux-Roses, 10 nov), aux assises du département MICA d’INRAE (16-19 nov), et à l’AG de l’IFB (Paris, 1-3 déc).

Migalement vôtre,

L’équipe