Dans les coulisses de Migale #3
Chers utilisateurs et utilisatrices,
Voici quelques nouvelles et événements que nous souhaitons partager avec vous.
Ressources humaines
Nous n’avons toujours pas de candidat pour le poste permanent d’administrateur système de la plateforme ; ayant obtenu un contrat d’apprentissage, nous sommes par contre en train de sélectionner notre futur-e apprenti-e en administration système pour la rentrée 2023. Cet-te étudiant-e ne pourra évidemment pas pallier l’absence d’un permanent sur ces fonctions. Nous vous remercions donc de votre compréhension quant aux délais de réponse sur les questions d’ordre système que vous pouvez nous poser.
Démarche Qualité
Suite à un audit externe, la plateforme a vu son certificat ISO9001 renouvelé en mai dernier. Migale est certifiée ISO9001 depuis 2011 sur le périmètre suivant :
- Mise à disposition d’une infrastructure de calcul, de stockage, de données publiques et d’outils dédiés au traitement des données des sciences de la vie.
- Conception et développement d’applications.
- Diffusion de l’expertise par des activités de conseil et de formation.
- Analyse de données en génomique microbienne et métagénomique.
La norme ISO9001 met la satisfaction des utilisateurs au cœur de la stratégie, elle exige également une approche par processus et la mise en place d’une démarche d’amélioration continue des services rendus. Cette certification démontre, s’il le fallait, que cette forte “approche utilisateur” est au cœur de nos activités.
Communication
Nous sommes petit à petit en train de réorganiser la manière dont nous mettons à disposition nos documents sur le web. Les supports de formation, les tutoriels, les rapports d’analyse, le détail de nos publications ou la FAQ sont désormais accessibles via un nouveau et unique site web développé en Quarto : https://documents.migale.inrae.fr. Le site web de la plateforme que vous avez l’habitude de consulter reste votre point d’entrée pour tous les formulaires de demande (compte, outils, formations, …).
Nous faisons en sorte de rediriger les pages des anciens sites vers le nouveau, de manière à ce que la bascule soit transparente. N’hésitez pas à nous transmettre vos remarques et vos questions.
Formations
Le cycle 2023 touche à sa fin avec le dernier module sur le metabarcoding en septembre prochain (il reste d’ailleurs encore de la place). N’hésitez pas à nous remonter vos nouveaux besoins en matière de formation.
Mises à jour d’outils
Une nouvelle version de R a été installée par défaut sur la plateforme avec son lot de nouveautés : il s’agit de la version 4.3.0.
Infrastructure et sécurité informatique
L’arrêt annuel du data center IDF aura lieu pendant la semaine 39 (entre le 25 et 28 septembre) ; les dates exactes d’arrêt de la plateforme vous seront communiquées dès que possible.
Une de nos récentes contributions à vos côtés
Migale a récemment co-publié les résultats d’une large étude génomique pour une meilleure compréhension des maladies associées à Enterococcus cecorum (troubles locomoteurs, septicémie) chez le poulet de chair. Dans ce projet piloté par Pascale Serror (INRAE, MICALIS), Valentin Loux, Hélène Chiapello et Christelle Hennequet-Antier ont contribué à la génomique comparative et aux études d’association pangénomique de cette collection de plus de 100 génomes isolés principalement dans des élevages français. L’étude a été menée dans le cadre de la thèse de Jeanne Laurentie, dont V. Loux a été co-encadrant. Migale a participé à l’ensemble du cycle de vie des données du projet : gestion des données brutes, analyses bioinformatiques des données de séquençage (contrôle qualité, assemblage et annotation des génomes, construction du pangénome et étude phylogénétique) et analyses statistiques des résultats. Les études d’association pangénomique ont été réalisées sur les gènes accessoires à l’aide du package R TreeWas 1.0 [Collins et Didelot, 2018] afin d’identifier des polymorphismes d’un seul nucléotide (SNP) associés à différents traits phénotypiques : l’appartenance à un clade, à l’origine clinique, à la sensibilité au sérum, à la capacité de formation de biofilm et à l’adhésion au collagène de type II. Enfin, Migale a déposé l’ensemble des données de l’analyse dans un entrepôt public (ENA accession number PRJEB50514.)
Pour en savoir plus sur les données, les méthodes et les résultats, l’article est publié dans le journal mSphere.
Pour nous rencontrer
Nous serons présents à la journée Ferment’IA organisée par Ferments du Futur et DataIA (Gif/Yvette le 13 septembre 2023) et aux journées du PEPI IBIS (Paris les 14 et 15 septembre 2023).
Nous vous souhaitons un bel été.
Migalement vôtre,
L’équipe 
