Dans les coulisses de Migale #4

Chers utilisateurs et utilisatrices,

Voici quelques nouvelles et événements que nous souhaitons partager avec vous.

Démarche Qualité

Le Conseil Scientifique des Utilisateurs va être renouvelé en fin d’année pour 2 ans. Il a pour but de porter la voix des utilisateurs auprès de Migale. Il donne son avis sur le bilan et la stratégie de la plateforme et apporte ses idées d’amélioration dans le fonctionnement du service. Il se réunit annuellement. Un grand merci aux membres du précédent conseil et à Maria Bernard qui l’animait.

Communication

L’équipe Migale a le plaisir de vous proposer de nouvelles rencontres en ligne pour échanger autour des activités de la plateforme. Ces rencontres régulières sont destinées aux utilisateurs de la plateforme intéressés pour (re-)découvrir ou discuter autour des offres de service de la plateforme. Au programme du 5 octobre (14h-15h30) : un focus sur la thématique “text mining” et une séquence “posez-nous vos questions”. Plus de détails et lien visio ici.

Responsabilité Sociale et Environnementale

En vue de réduire le volume des données actuellement stockées sur nos serveurs, nous avons démarré le chantier d’identification des comptes inactifs pour les supprimer, et leurs données avec. Bien sûr, ces anciens utilisateurs seront contactés en amont pour voir ensemble la meilleure solution. Migale n’a en effet pas vocation à faire de l’archivage. Ce chantier fastidieux sera discuté avec le prochain conseil scientifique des utilisateurs. Il aboutira également à une définition plus claire des engagements et exigences de la plateforme en termes de gestion des données et sera formalisé à la fois dans une charte utilisateur et dans notre plan de gestion de données.

Formations

Le cycle de formation 2023 composé de 15 modules différents (27 jours cumulés) s’est terminé mi-septembre. Nous avons formé 108 apprenants, dont 59% venant d’INRAE ; la répartition par département est accessible ici. Nous allons maintenant planifier le cycle 2024 dont les inscriptions ouvriront début janvier.

Infrastructure et sécurité informatique

L’arrêt annuel du data center IDF aura lieu la semaine prochaine ; l’infrastructure de la plateforme sera par conséquent arrêtée du lundi 25 septembre à 13h au jeudi 28 septembre à 15h.

Un de vos travaux réalisés sur la plateforme Migale

La valorisation du potentiel biotechnologique considérable des communautés microbiennes, ou microbiotes, nécessite des outils novateurs permettant de les cultiver. Or les procédés existants ne sont pas adaptés à la culture des microbiotes en raison de la capacité des organismes à interagir par compétition, cette interaction conduisant à la réduction indésirable de la biodiversité dans le réacteur de culture. Dans un article publié en janvier 2023, des chercheurs de l’Université de Lorraine ont étudié l’apport d’un procédé de culture de communautés microbiennes en émulsion inverse afin d’adresser ce problème. Ils ont fait appel aux outils FROGS disponibles sur la plateforme Migale pour conduire leurs analyses de communautés microbiennes par metabarcoding. Leurs travaux ont montré que la culture en émulsion inverse limitait la compétition entre bactéries et permettait un meilleur maintien de la diversité qu’un procédé classique non émulsionné.

N’hésitez pas à nous partager vos travaux qui citent la plateforme.

Une de nos récentes contributions à vos côtés

Nous sommes heureux de vous présenter un travail financé par l’ex métaprogramme MEM (Méta-omiques des Écosystèmes Microbiens) en collaboration avec le LUBEM (INRAE/Université de Brest), l’UMR SayFood (INRAE Saclay), SPO (Université Montpellier) et la plateforme Migale. L’objectif de l’étude était de comparer les pipelines de metabarcoding (FROGS, DADA2, QIIME2 et USEARCH) et les marqueurs (ITS1, ITS2, D1D2 et RPB2) pour déterminer la diversité fongique dans différents écosystèmes alimentaires. Dans un premier temps, des communautés synthétiques combinant les espèces fongiques les plus représentatives de la viande fermentée, du fromage, du vin et du pain ont été créées et analysées par metabarcoding afin de déterminer le pipeline bioinformatique donnant les meilleurs résultats. Ensuite, des échantillons réels ont été analysés avec l’approche retenue pour comparer l’efficacité du marqueur choisi (ITS1, ITS2, D1/D2 ou RPB2) pour refléter la diversité de ces écosystèmes.

D’un point de vue méthodologique, ce travail nous a permis d’évaluer les pipelines de metabarcoding et de développer une nouvelle approche, combinant à la fois DADA2 et FROGS, qui a obtenu les meilleurs résultats sur ces échantillons. Cette approche sera implémentée dans la prochaine version de FROGS.

D’un point de vue scientifique, cette étude a permis d’enrichir les connaissances sur les espèces fongiques représentatives des écosystèmes d’intérêt pour ces aliments fermentés.

Pour en savoir plus sur les données, les méthodes et les résultats, l’article sera bientôt publié dans le journal PCI et accessible dès maintenant en version preprint.

Pour nous rencontrer

Nous serons présents à l’assemblée générale de l’Institut Français de Bioinformatique (17 octobre 2023) et aux journées internes de la plateforme distribuée Ferments du Futur (7 novembre 2023).

Migalement vôtre,

L’équipe