Dans les coulisses de Migale #7
Chers utilisateurs et utilisatrices,
Voici quelques nouvelles et événements que nous souhaitons partager avec vous dès à présent.
Démarche qualité
Julien Tap (Micalis) a accepté d’animer le nouveau Conseil Scientifique des Utilisateurs (CSU) de la plateforme ; la composition de ce CSU est en cours.
Un grand merci aux 40 utilisatrices et utilisateurs qui ont rempli l’enquête annuelle de satisfaction ; cela ne représente que 5% de nos utilisateurs actifs en 2023, mais comme on dit, “qui ne dit mot consent” ! Au-delà du niveau de satisfaction très élevé dont vous nous avez fait part sur les différents services de la plateforme, vos retours sont très positifs sur le format de cette infolettre ce qui nous encourage à poursuivre. Concernant notre communication par mail, l’un-e de vous en souhaiterait davantage sur les places disponibles aux formations tandis qu’un-e autre s’interroge sur l’utilité des messages à chaque installation d’outils. C’est un sujet régulièrement discuté en CSU, le compromis n’est pas simple à trouver entre minimiser le nombre de mails (la liste users-migale comporte 1073 adresses !) et vous tenir informés le plus possible. L’un-e de vous souhaiterait aussi un “guide de bonne conduite pour doser raisonnablement mon utilisation des moyens de calcul” ; sachez que les questions d’impacts environnementaux nous préoccupent beaucoup et qu’un groupe de travail a été lancé sur ce thème au sein de l’IR BioinfOmics.
BioinfOmics
Migale est l’une des 4 plateformes composant BioinfOmics, l’Infrastructure de Recherche INRAE en bioinformatique. Le conseil scientifique de cette IR s’est réuni pour la première fois le 20 mars 2024 ; il est composé de R. Chikhi, E. Corre, E. Maguin, M.-L. Martin-Magniette, C. Médigue, D. Milan, J. Reveillaud et F. Sabot.
Communication
SAVE THE DATE : Le prochain webinaire “Migale & vous” aura lieu le jeudi 23 mai à 14h ; Cassandre Bedu-Ferrari (Micalis & General Mills) nous présentera à cette occasion les résultats de l’étude “In-depth characterization of a selection of gut commensal bacteria reveals their functional capacities to metabolize dietary carbohydrates with prebiotic potential”.
Responsabilité Environnementale
Nous prolongeons d’une semaine le challenge Digital CleanUp Day visant à nettoyer vos données stockées sur la plateforme (pour en savoir plus) : merci de nous remonter vos indicateurs (nb de fichiers et volume libéré) au plus tard mardi 26 mars via le formulaire https://migale.inrae.fr/form/cleanup-day-2024.
Formations
Il reste encore quelques places dans les modules ci-dessous :
- Manipulation de données avec R : introduction à tidyverse (3-4 avril)
- Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy (23 avril)
- Initiation à l’utilisation de Galaxy (7 mai)
- Comparaison de génomes microbiens (24 mai)
- Modélisation in silico de structures 3D de protéines. Prédiction de mutations, de fixation de ligands (27-28 mai)
- Initiation à Linux (29 mai)
- Analyse statistique de données RNA-Seq -Recherche des régions d’intérêt différentiellement exprimées (R, RStudio) (10-11 juin)
- Introduction au text-mining avec AlvisNLP (12-13 juin)
Toutes les informations sont sur https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html
Mises à jour d’outils
Une mise à jour de R a été faite récemment : la version 4.3.2 est désormais la version par défaut. Les nouveautés sont décrites ici.
Un de vos travaux réalisés sur la plateforme Migale
Dans le cadre de leur projet ANCESMAG (ANR PRCi franco-allemande), des chercheurs du CNRS, du CEA et de l’université de Bayreuth ont utilisé la plateforme Migale afin d’inférer les relations évolutives entre des séquences protéiques grâce à l’utilisation d’outils de phylogénie moléculaire et des capacités de calcul. Les protéines analysées dans une étude publiée par ce consortium dans la revue MBio, sont spécifiques d’un organite procaryote rencontré chez les bactéries magnétotactiques. Dans cette étude, la reconstruction d’une protéine ancestrale impliquée dans le positionnement de cet organite a permis de montrer qu’il était possible de ressusciter le phénotype produit par cette protéine par une approche de biologie de synthèse.
N’hésitez pas à nous partager vos travaux qui citent la plateforme.
Une de nos récentes contributions à vos côtés
Migale est co-auteur de l’article « A Galaxy of informatics resources for MS-based proteomics » publié fin 2023 dans Expert Review in Proteomics. Cet article présente des ressources facilement accessibles pour l’analyse de données protéomiques et qui pourraient vous intéresser, dont le serveur Galaxy ProteoRE (https://proteore.org) que Migale a contribué à développer.
Le développement de ProteoRE a été mené en collaboration avec le CEA (équipe Edyp, laboratoire BGE, Grenoble) dans le cadre d’un projet financé par l’IFB. Il a mené à 6 publications illustrant son utilisation et à la rédaction de deux tutoriels au sein du Galaxy Training Network (liens ci-dessous). ProteoRE continue d’accueillir plus de 2000 utilisateurs par an, en grande partie grâce à son inclusion dans la communauté « Galaxy Proteomics » qui en fait la promotion régulière à travers ses efforts d’accompagnement de la communauté.
ProteoRE illustre nos compétences en développement d’applications pour Galaxy, ainsi que nos efforts pour accompagner ces développements de tutoriels et de formations qui les rendent utilisables pour le plus grand nombre.
Cette même approche est proposée, par exemple, dans le projet Galaxy Bioprod du PEPR B-BEST dans lequel nous avons la responsabilité de la mise en place d’un portail Galaxy accueillant les outils développés dans le projet.
Liens vers les tutoriels du Galaxy Training Network utilisant ProteoRE :
Pour nous rencontrer
Nous serons présents aux rencontres R (Vannes, 12-14 juin) et à JOBIM (Toulouse, 25-28 juin).
Migalement vôtre,
L’équipe 
