Dans les coulisses de Migale #8

Chers utilisateurs et utilisatrices,

Voici quelques nouvelles et événements que nous souhaitons partager avec vous sans plus tarder.

Communication

Le prochain webinaire “Migale & vous” aura lieu ce jeudi 23 mai à 14h ; Cassandre Bedu-Ferrari (Micalis & General Mills) nous présentera les résultats de l’étude “In-depth characterization of a selection of gut commensal bacteria reveals their functional capacities to metabolize dietary carbohydrates with prebiotic potential” et une présentation du service d’analyse de la plateforme vous sera faite par Olivier.

Ressources humaines

3 postes d’ingénieur-e sont à pourvoir actuellement au sein de la plateforme ; n’hésitez pas à transférer ces postes autour de vous. Les deux premiers s’inscrivent dans le cadre du grand défi Ferments du Futur et sont des contrats de mission scientifique de longue durée (8 et 6,5 ans respectivement) :

• Bioinformatien-ne : https://jobs.inrae.fr/ot-22012
• Gestionnaire de données : https://jobs.inrae.fr/ot-22011

Le 3e poste est un CDI, nous sommes toujours à la recherche d’un-e administrateur-trice système pour gérer l’infrastructure numérique de la plateforme (https://jobs.inrae.fr/ot-22017).

Responsabilité environnementale

Un grand merci aux 7 utilisateurs et utilisatrices pour avoir nettoyé un peu plus de 45 Go de données (plus de 200 000 fichiers effacés) à l’occasion du deuxième Migale Digital CleanUp Day ; et surtout, n’attendez pas la troisième édition pour faire du ménage numérique 😉

Formations

Il reste encore quelques places dans les modules ci-dessous :

• Introduction à Linux (29 mai)
• Analyse statistique de données RNA-Seq -Recherche des régions d’intérêt différentiellement exprimées (R, RStudio) (10-11 juin)
• Introduction au text-mining avec AlvisNLP (12-13 juin)

Toutes les informations se trouvent sur https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html

BioInfOmics

SAVE THE DATE : l’Infrastructure de Recherche BioinfOmics co-organisera des journées “pangénome” les 5 et 6 décembre 2024 ; nous vous tiendrons informé-e-s dès que possible du lieu et du programme de cet événement.

Une de nos récentes contributions à vos côtés

Migale est co-auteur de l’article “Microbial communities of a variety of 75 homemade fermented vegetables” qui s’intéresse aux “fermentations maisons” de légumes. Nos collègues INRAE (STLO, SPO) ont ainsi collecté des échantillons de divers légumes (choux, carottes, navets et mélanges) dans le cadre d’un projet de sciences participatives et étudié le lien entre communauté microbienne, sel et acidité. Les analyses bioinformatiques ont été faites dans le cadre du service d’analyse de Migale puis les collègues ont utilisé l’outil Easy16S pour explorer leurs données avant de revenir vers la plateforme pour des analyses plus poussées. Ils ont montré que les bactéries lactiques représentaient la majorité des bactéries, étaient plus abondantes en début de fermentation, et que des levures étaient présentes dans la moitié des échantillons. Aucune bactérie pathogène n’a été détectée, ce qui atteste de l’innocuité de ces fermentations maisons.

Pour nous rencontrer

Nous serons présents aux rencontres R (Vannes, 12-14 juin) et à JOBIM (Toulouse, 25-28 juin).

Migalement vôtre,

L’équipe