Comparaison de génomes microbiens
Module 9bis
galaxy
genomics
Connaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiques pour annoter et comparer un jeu de données de génomes microbiens. Construire et évaluer la qualité d’un jeu de données. Savoir mettre en œuvre une comparaison de génomeset en interpréter les résultats.
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Aucun prérequis n’est nécessaire pour cette formation
Programme :
- Construction d’un jeu de données
- Téléchargement de données publiques
- Evaluation de la qualité
- Caractérisation de la diversité génomique
- Stratégies de comparaison :
- Constructions de famille de protéines
- Alignement de génomes complets
- Analyse des résultats :
- Notion de core et pan-génome
- Notions élémentaires de phylogénomique
- Visualisation et interprétation des résultats
Mise en pratique sur un jeu de données bactériens, utilisation des logiciels Mash et Roary sous Galaxy.
Voici tous les supports présentés lors de cette formation :
- Supports au format PDF –>
