Comparaison de génomes microbiens
Module 27
galaxy
genomics
Connaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiques pour annoter et comparer un jeu de données de génomes microbiens. Construire et évaluer la qualité d’un jeu de données. Savoir mettre en œuvre une comparaison de génomeset en interpréter les résultats.
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Aucun prérequis n’est nécessaire pour cette formation
Programme :
Construction d’un jeu de données :
- Téléchargement de données publiques
- Évaluation de la qualité d’un jeu de données
- Principes et mise en œuvre d’une annotation automatique d’un génome bactérien
Caractérisation de la diversité génomique
Construction de pangénomes
Analyse des résultats :
- Résultats et métriques d’un pangénome
- Notions élémentaires de phylogénomique
- Visualisation et interprétation des résultats
- Mise en pratique sur un jeu de données bactériens, utilisation des logiciels dRep, Quast, Bakta et PPanGGOLiN sous Galaxy.
Voici tous les supports présentés lors de cette formation :
- Supports au format PDF
