Objectifs pédagogiques
A l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :
- connaître les éléments avancés du langage de programmation Python,
- les appliquer sur des cas concrets en bioinformatique,
- être autonome dans la mise en place de tâches complexes visant à extraire et re-formater des données issues de fichiers textes,
- dans le cadre de traitement de données via le langage de programmation Python
Programme
- Fonctions
- Expressions régulières
- Gestion des erreurs
- Biopython
- Quelques modules de bioinformatique
- Réalisation de programmes et de Notebooks Jupyter
- Illustration avec des exercices de manipulation de fichiers de séquences
Pré-requis
- Avoir suivi le module Initiation à Python ou être autonome sous Python Connaissance de base en Python et/ou initiation à Python avec connaissance d’un autre langage
Intervenants
Sandra Dérozier / Thomas Duigou
A work by Migale Bioinformatics Facility
Université Paris-Saclay, INRAE, MaIAGE, 78350, Jouy-en-Josas, France
Université Paris-Saclay, INRAE, BioinfOmics, MIGALE bioinformatics facility, 78350, Jouy-en-Josas, France