Module 16 - 10 et 11 juin 2024

Analyse statistique de données RNA-Seq - Recherche des régions d’intérêt différentiellement exprimées

Contacts

️ 01.34.65.29.74 (Veronique Martin)

formation.migale@inrae.fr

Objectifs pédagogiques

• Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l’analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.
• Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d’un article.
• Réaliser une étude transcriptomique avec R dans l’environnement RStudio.

Programme

• Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables).
• Normalisation et analyse différentielle : recherche de “régions d’intérêt” différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé).
• Prise en compte de la multiplicité des tests.

Le cours sera illustré par différents exemples. Un jeu de données à deux facteurs sera analysé avec les packages R DESeq2 et edgeR dans l’environnement RStudio.

Pré-requis

Être sensibilisé à R.

Pour ceux qui le souhaitent, vous pouvez suivre le module d’initiation à R proposé sur la plateforme migale, suivre un cours en ligne (https://www.datacamp.com/courses/free-introduction-to-r) ou vous exercer dans R à l’aide du package swirl qui propose des petits cours interactifs.

Des ressources en ligne supplémentaires sont disponibles sur les sites de R (https://cran.r- project.org/) et RStudio (https://rstudio.com/resources/training/).

Informations pratiques

Dates et Horaires	Durée	Tarifs (Hors Taxe)
10 et 11 juin 2024 9h00-17h00	2 jour(s)	300 € (INRAE) 340 € (Académique) 1100 € (Non académique)

Modalités de paiement	Conditions d’annulation
Uniquement par bon de commande	En l’absence d’annulation par mail avant le 26 mai 2024, le paiement sera dû

Lieu	Plan et Moyen d’accès
Centre INRAE Jouy-en-Josas Unité MalAGE Bât. 233	https://migale.inrae.fr/how-to-come

Intervenants

Christelle Hennequet-Antier / Julie Aubert