Module 23 - 13, 14 et 15 mai 2024

Traitement bioinformatique et analyse différentielle de données d’expression RNA-seq sous Galaxy

Contacts

️ 01.34.65.29.74 (Veronique Martin)

formation.migale@inrae.fr

Objectifs pédagogiques

A l’issue de cette formation, vous serez capable, dans le cadre d’une analyse de données RNA- seq avec génome de référence et plan d’expérience simple :

• de connaître le vocabulaire et les concepts bioinformatiques et biostatistiques ;
• de savoir enchaîner de façon pertinente un ensemble d’outils bioinformatiques et biostatistiques dans l’environnement Galaxy ;
• de comprendre le matériel et méthodes d’un article du domaine ;
• d’évaluer la pertinence d’une analyse RNA-seq en identifiant les éléments clefs et comprendre les particularités liées à la nature des données.

Programme

Bioinformatique

• Obtenir des données de qualité : nettoyage, filtrage, qualité
• Aligner les lectures sur un génome de référence
• Détecter de nouveaux transcrits
• Quantifier l’expression des gènes
• Préparer et déployer unensemble d’analyses sur plusieurs échantillons

Biostatistique

• Construire un plan d’expérience simple
• Normaliser les données de comptage
• Identifier les gènes différentiellements exprimés
• Se sensibiliser aux tests multiples

Analyse de protocoles Bioinformatique et Biostatistiques issus de la littérature

Pré-requis

• Avoir suivi le module 17 (Galaxy) ou maitriser l’utilisation de Galaxy

Informations pratiques

Dates et Horaires	Durée	Tarifs (Hors Taxe)
13, 14 et 15 mai 2024 9h00-17h00	3 jour(s)	450 € (INRAE) 510 € (Académique) 1650 € (Non académique)

Modalités de paiement	Conditions d’annulation
Uniquement par bon de commande	En l’absence d’annulation par mail avant le 28 avril 2024, le paiement sera dû

Lieu	Plan et Moyen d’accès
Centre INRAE Jouy-en-Josas Unité MalAGE Bât. 233	https://migale.inrae.fr/how-to-come

Intervenants

Cyprien Guérin / Valentin Loux / Christelle Hennequet-Antier / Julie Aubert