Objectifs pédagogiques
L’objectif de cette formation est d’initier les apprenants aux bonnes pratiques pour la reproductibilité des analyses. Ils apprendront à rédiger des rapports d’analyse en R Markdown et à les déposer sur un dépôt GitHub. Les principes FAIR (faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables) et les bases de la rédaction de PGD (plans de gestion de données) seront également présentés. Durant la formation, nous utiliserons RStudio et GitHub.
Programme
- Principes et enjeux de la recherche reproductible
- Utilisation de GitHub
- Gestion des versions d’un document
- Rédaction de document computationnel
- Partage d’un rapport avec ses collaborateurs
- Principes FAIR et PGD
Intervenants
Cédric Midoux / Valentin Loux
A work by Migale Bioinformatics Facility
Université Paris-Saclay, INRAE, MaIAGE, 78350, Jouy-en-Josas, France
Université Paris-Saclay, INRAE, BioinfOmics, MIGALE bioinformatics facility, 78350, Jouy-en-Josas, France