Module 8bis - 23 avril 2024

Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy

Contacts

️ 01.34.65.29.74 (Veronique Martin)

formation.migale@inrae.fr

Objectifs pédagogiques

Connaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération (NGS). Savoir effectuer un alignement sur un génome de référence, un assemblage de novo d’un génome bactérien

Programme

Théorie

• Présentation des différents types de technologies de séquençage (lectures longues et courtes)

Pratique

• Analyse des données de séquençage d’un génome bactérien
  • Contrôle qualité
  • Assemblage de-novo
  • Nettoyage des données
  • Assemblage
  • Visualisation et statistiques sur l’assemblage
  • Alignement de lectures sur un génome de référence et visualisation

Tous les TPs seront réalisés sous l’environnement d’exécution de traitements Galaxy.

Pré-requis

• Avoir suivi le module 17 (Galaxy) ou maitriser l’utilisation de Galaxy

Informations pratiques

Dates et Horaires	Durée	Tarifs (Hors Taxe)
23 avril 2024 9h00-17h00	1 jour(s)	150 € (INRAE) 170 € (Académique) 550 € (Non académique)

Modalités de paiement	Conditions d’annulation
Uniquement par bon de commande	En l’absence d’annulation par mail avant le 08 avril 2024, le paiement sera dû

Lieu	Plan et Moyen d’accès
Centre INRAE Jouy-en-Josas Unité MalAGE Bat. 233	https://migale.inrae.fr/how-to-come

Intervenants

Valentin Loux / Cédric Midoux