Module 9bis - 24 mai 2024

Comparaison de génomes microbiens

Contacts

️ 01.34.65.29.74 (Veronique Martin)

formation.migale@inrae.fr

Objectifs pédagogiques

Connaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiques pour comparer un jeu de données de génomes microbiens. Construire et évaluer la qualité d’un jeu de données. Savoir mettre en œuvre une comparaison de génomes et en interpréter les résultats.

Programme

• Construction d’un jeu de données :
• Téléchargement de données publiques
• Evaluation de la qualité
• Caractérisation de la diversité génomique
• Stratégies de comparaison :
• Construction de famille de protéines
• Alignement de génomes complets
• Analyse des résultats :
  • Notion de core et pan-génome
  • Notions élémentaires de phylogénomique
  • Visualisation et interprétation des résultats
• Mise en pratique sur un jeu de données bactériens, utilisation des logiciels dRep et Roary sous Galaxy.

Informations pratiques

Dates et Horaires	Durée	Tarifs (Hors Taxe)
24 mai 2024 9h30-17h00	1 jour(s)	150 € (INRAE) 170 € (Académique) 550 € (Non académique)

Modalités de paiement	Conditions d’annulation
Uniquement par bon de commande	En l’absence d’annulation par mail avant le 09 mai 2024, le paiement sera dû

Lieu	Plan et Moyen d’accès
Centre INRAE Jouy-en-Josas Unité MalAGE Bât. 233	https://migale.inrae.fr/how-to-come

Intervenants

Valentin Loux / Hélène Chiapello