Objectifs pédagogiques
À l’issue de la formation, les stagiaires seront capables :
- d’utiliser des éléments avancés du langage de programmation Python,
- de les appliquer sur des cas concrets,
- d’être autonome dans la mise en place de tâches complexes visant à extraire et re-formater des données issues de fichiers textes,
- d’être autonome dans la recherche et l’utilisation de bibliothèques existantes.
Les exercices et modules sont axés sur la bioinformatique et le traitement de fichiers textes, mais les compétences acquises sont en grande partie transférables à d’autres domaines.
Programme
- Fonctions
- Classes
- Expressions régulières
- Gestion des erreurs
- Gestion des arguments d’un programme
- Création d’un module
- Utilisation de modules avancés :
- Pandas : bibliothèque permettant la manipulation et l’analyse de données (structures de données adaptées, opérations de manipulation de tableaux numériques et de séries temporelles)
- Numpy : bibliothèque permettant d’effectuer des calculs numériques (gestion facilitée des tableaux de nombres par exemple)
- BioPython : module incontournable en bioinformatique permettant de manipuler des données biologiques (séquences, structures, interrogation de bases de données, …)
- Réalisation de programmes et/ou de Notebooks Jupyter
- Illustration avec des exercices courts
Pré-requis
- Avoir suivi le module Initiation à Python OU avoir des connaissance de base en Python : variables de base (scalaire, liste, set, dictionnaire), structures de contrôle (if, else, while, for), ouverture de fichiers en lecture et écriture (fonction open) OU maîtriser un autre langage de programmation.
Intervenants
Sandra Dérozier / Thomas Duigou
A work by Migale Bioinformatics Facility
Université Paris-Saclay, INRAE, MaIAGE, 78350, Jouy-en-Josas, France
Université Paris-Saclay, INRAE, BioinfOmics, MIGALE bioinformatics facility, 78350, Jouy-en-Josas, France
