Module 16 - 12 et 13 mai 2025

Analyse statistique de données RNA-Seq - Recherche des régions d’intérêt différentiellement exprimées

Théorie 50 % - Pratique 50 % - 10 stagiaires par session¹ - 1 poste informatique par stagiaire

Contacts

️ 01.34.65.29.74 (Veronique Martin)

formation.migale@inrae.fr

Objectifs pédagogiques

• Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l’analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.
• Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d’un article.
• Réaliser une étude transcriptomique avec R dans l’environnement RStudio.

Programme

• Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables).
• Normalisation et analyse différentielle : recherche de “régions d’intérêt” différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé).
• Prise en compte de la multiplicité des tests.

Le cours sera illustré par différents exemples. Un jeu de données à deux facteurs sera analysé avec les packages R DESeq2 et edgeR dans l’environnement RStudio.

Pré-requis

Être sensibilisé à R.

Pour ceux qui le souhaitent, vous pouvez suivre le module d’initiation à R proposé sur la plateforme migale, suivre un cours en ligne (https://www.datacamp.com/courses/free-introduction-to-r) ou vous exercer dans R à l’aide du package swirl qui propose des petits cours interactifs.

Des ressources en ligne supplémentaires sont disponibles sur les sites de R (https://cran.r-project.org/) et Posit (https://posit.co/).

Informations pratiques

Dates et horaires	Jours	Tarifs
12 et 13 mai 2025	2 jour(s)	300 € (INRAE)
9h00-17h00		340 € (Académique)
		1100 € (Non académique)

Modalités de paiement	Conditions d'annulation
Uniquement par bon de commande	En l'absence d'annulation par mail avant le
	27 avril 2025
	le paiement sera dû

Intervenants

Christelle Hennequet-Antier / Julie Aubert

Notes de bas de page

1. -Nous nous réservons le droit d’annuler ce module si le nombre de participants est inférieur à 5-