Module 8bis - 21 mars 2025

Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy

Théorie 20 % - Pratique 80 % - 10 stagiaires par session¹ - 1 poste informatique par stagiaire

Contacts

️ 01.34.65.29.74 (Veronique Martin)

formation.migale@inrae.fr

Objectifs pédagogiques

Connaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération (NGS). Savoir effectuer un alignement sur un génome de référence, un assemblage de novo d’un génome bactérien

Programme

Théorie

• Présentation des différents types de technologies de séquençage (lectures longues et courtes)

Pratique

• Analyse des données de séquençage d’un génome bactérien
• Contrôle qualité
• Assemblage de-novo
• Nettoyage des données
• Assemblage
• Visualisation et statistiques sur l’assemblage
• Alignement de lectures sur un génome de référence et visualisation

Tous les TPs seront réalisés sous l’environnement d’exécution de traitements Galaxy.

Pré-requis

• Avoir suivi le module 17 (Galaxy) ou maitriser l’utilisation de Galaxy

Informations pratiques

Dates et horaires	Jours	Tarifs
21 mars 2025	1 jour(s)	150 € (INRAE)
9h00-17h00		170 € (Académique)
		550 € (Non académique)

Modalités de paiement	Conditions d'annulation
Uniquement par bon de commande	En l'absence d'annulation par mail avant le
	06 mars 2025
	le paiement sera dû

Intervenants

Cédric Midoux / Olivier Rué

Notes de bas de page

1. -Nous nous réservons le droit d’annuler ce module si le nombre de participants est inférieur à 5-