Module 9bis - 19 et 20 mai 2025

Annotation et comparaison de génomes bactériens

Théorie 20 % - Pratique 80 % - 10 stagiaires par session¹ - 1 poste informatique par stagiaire

Contacts

️ 01.34.65.29.74 (Veronique Martin)

formation.migale@inrae.fr

Objectifs pédagogiques

Connaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiques pour annoter automatiquement et comparer un jeu de données de génomes bactériens. Construire et évaluer la qualité d’un jeu de données publiques. Évaluer la qualité et annoter automatiquement un jeu de données. Savoir mettre en oeuvre une comparaison de génomes et en interpréter les résultats.

Programme

• Construction d’un jeu de données :

  • Téléchargement de données publiques
  • Evaluation de la qualité d’un jeu de données

• Principes et mise en œuvre d’une annotation automatique d’un génome bactérien

• Caractérisation de la diversité génomique

• Construction de pangénomes

• Analyse des résultats :

  • Résultats et métriques d’un pangénome
  • Notions élémentaires de phylogénomique
  • Visualisation et interprétation des résultats

• Mise en pratique sur un jeu de données bactériens, utilisation des logiciels dRep, Quast, Bakta et PPanGGOLiN sous Galaxy.

Informations pratiques

Dates et horaires	Jours	Tarifs
19 et 20 mai 2025	2 jour(s)	300 € (INRAE)
9h30-17h00		340 € (Académique)
		1100 € (Non académique)

Modalités de paiement	Conditions d'annulation
Uniquement par bon de commande	En l'absence d'annulation par mail avant le
	04 mai 2025
	le paiement sera dû

Intervenants

Valentin Loux / Hélène Chiapello

Notes de bas de page

1. -Nous nous réservons le droit d’annuler ce module si le nombre de participants est inférieur à 5-