Migale documents

2/27/26

Dans les coulisses de Migale #15

7 min

12/9/25

Dans les coulisses de Migale #14

9/15/25

Dans les coulisses de Migale #13

7 min

5/26/25

Dans les coulisses de Migale #12

6 min

4/2/25

Dans les coulisses de Migale #11

3/14/25

Dans les coulisses de Migale #10

5 min

1/15/25

Dans les coulisses de Migale #9

11/4/24

Dans les coulisses de Migale #8

5/21/24

Dans les coulisses de Migale #7

5 min

3/20/24

Dans les coulisses de Migale #6

1/11/24

Dans les coulisses de Migale #5

12/21/23

Dans les coulisses de Migale #4

9/25/23

Dans les coulisses de Migale #3

7/5/23

Dans les coulisses de Migale #2

5 min

3/10/23

Dans les coulisses de Migale #1

1/25/23

Training materials

Analyse de données de métabarcoding

Module 20

Olivier Rué, Christelle Hennequet-Antier, Cédric Midoux

6/8/26

Analyse de données métagénomiques shotgun

Module 24

command line

Olivier Rué, Cédric Midoux, Valentin Loux

5/20/26

Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy

3/26/26

Comparaison de génomes microbiens

Module 27

Valentin Loux, Hélène Chiapello

genomics

3/19/26

Analyse de données de métabarcoding

Module 20

Olivier Rué, Christelle Hennequet-Antier, Cédric Midoux

6/23/25

Introduction to the tidyverse

Module 12ter

Mahendra Mariadassou, Christelle Hennequet-Antier

6/16/25

Comparaison de génomes microbiens

Module 9bis

Valentin Loux, Hélène Chiapello

genomics

5/19/25

Introduction aux bonnes pratiques pour des analyses reproductibles

4/4/25

Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy

Cédric Midoux, Olivier Rué

3/21/25

Développement d’application Shiny

Module 26

shiny

Cédric Midoux, Mahendra Mariadassou, Sandra Dérozier

3/14/25

Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy

Mahendra Mariadassou, Christelle Hennequet-Antier

4/23/24

Introduction to the tidyverse

Module 12ter

4/2/24

Introduction aux bonnes pratiques pour des analyses reproductibles

3/21/24

Analyse de données métagénomiques shotgun

Module 24

command line

Cédric Midoux, Olivier Rué, Valentin Loux

3/18/24

Analyse de données de métabarcoding

Module 20

Olivier Rué, Mahendra Mariadassou, Cédric Midoux

9/11/23

Introduction to the tidyverse

Module 12

Mahendra Mariadassou, Christelle Hennequet-Antier

6/19/23

Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy

6/15/23

Analyse de données métagénomiques shotgun

Module 24

command line

Cédric Midoux, Olivier Rué, Valentin Loux

6/5/23

Introduction à Galaxy

Module 17

Galaxy

Mouhamadou Ba, Sylvain Marthey

3/23/23

Développement d’application Shiny

Module 26

shiny

Cédric Midoux, Mahendra Mariadassou, Sandra Dérozier

3/20/23

Presentations

Orchestration of projects on a core bioinformatics facility

From primary to secondary data : analytics fluxes on Migale

Valentin Loux, Olivier Rué, Migale team

7/2/26

`{affiliationExplorer}` a Shiny webapp to resolve taxonomy conflicts

Mahendra Mariadassou, Sandra Dérozier, Cédric Midoux, Olivier Rué

7/1/26

Standardization and automation of analysis projects

from Migale to a shared solution

Mahendra Mariadassou, Olivier Rué

6/26/26

IA pour données omiques

Focus sur quelques apports

Mahendra Mariadassou, Cédric Midoux, Olivier Rué

Mahendra Mariadassou

6/25/26

AffiliationExplorer: une application shiny pour résoudre les conflits de taxonomie

6/16/26

Standardization and automation of analysis projects

from Migale to a shared solution

3/30/26

<div class="quarto-grid-item card h-100 card-center"> <p class="card-img-top"> <img loading="lazy" src="/posts/presentations/2026-02-05-CATI_gitlab_quarto/preview2.png" class="thumbnail-image card-img" style="height: 150px;"> </p> <div class="card-body post-contents"> <h5 class="no-anchor card-title listing-title"> Documenter et diffuser sans trop d’efforts </h5> <div class="card-subtitle listing-subtitle"> Quarto - Gitlab Pages </div> <div class="listing-categories"> <div class="listing-category" onclick="window.quartoListingCategory('UXVhcnRv'); return false;">Quarto</div> </div> <div class="card-attribution card-text-small justify"> <div class="listing-author"> Olivier Rué </div> <div class="listing-date"> 2/5/26 </div> </div> </div> </div>

A Shiny Python plugin to exchange data between Galaxy and Siduri, the user-friendly portal dedicated to fermentation

Élément du portfolio - projet METABARFOOD

Visite HCERES

What’s new and what’s coming soon

12/16/24

News about FROGS

Olivier Rué, Gabryelle Agoutin, Lucas Auer, Maria Bernard, Géraldine Pascal

11/15/24

MetaPDOCheese

Étude métaomique des fromages AOP français

Mahendra Mariadassou, Celine Delbes, Françoise Irlinger, Many people

5/29/24

Présentation du service d’analyse de données

Migale & Vous

5/21/24

Comparison of metabarcoding taxonomic markers to describe fungal communities in fermented foods

METABARFOOD project

Visite départements MICA/MathNum

12/4/23

Plateforme Migale

Valentin Loux, Olivier Rué

9/27/23

Analyse de données métagénomiques 16S - FROGS

Master BMC - Atelier Biodiversité microbienne

Journées du PEPI IBIS 2023

9/22/23

Packages R pour controler son travail et ainsi mieux optimiser, réutiliser et communiquer autour de ses analyses

renv

targets

Cédric Midoux, Philippe Ruiz

9/15/23

Quarto

Club Bioinfo, Jouy